Ҳамин тавр, якуми сентябри соли 1987 бо розигии Шӯрои Вазирони собиқ Иттиҳоди Шӯравӣ, Шӯрои Вазирони Тоҷикистон ва бо дастгирии раиси Иттифоқи марказии кооператсияи собиқ Иттиҳоди Шӯравӣ Трунов М.П., сардори муассисаҳои таълимии он Антипов И.Ю. ва ректори Донишгоҳи савдои кооперативии шаҳри Новосибирск Бернвальд А.Р. ва олимону донишмандон аз Самарқанду Новосибирск ин филиал ба фаъолият оғоз намуд.

13-уми ноябри соли 1991 раёсати Иттифоқи Тоҷикматлубот бо қарори худ таҳти №182/231 барои ташкил намудани донишкадаи мустақил ба Девони Вазирони Тоҷикистон дархост пешниҳод намуд.

Девони Вазирони Ҷумҳурии Тоҷикистон 25 ноябри соли 1991 таҳти №354 дар бораи таъсиси Донишкадаи тиҷорати Тоҷикистон дар шаҳри Душанбе қарор қабул намуд.

Дар асоси қарори №126-и Шӯрои Вазирони чумҳурӣ аз 19 марти соли 1993 Донишкадаи тиҷоратии Тоҷикистон ба Донишкадаи тиҷоратии давлатию  кооперативии Тоҷикистон табдил ёфта, филиали он дар шаҳри Хуҷанд таъсис дода шуд.

Дар ин ҳолат раёсати Тоҷикматлубот номзадии шахси сарсупурдаи ин соҳа Кокова Гулнора Маҳмадбековнаро барои иҷро намудани вазифаи ректори донишкада ба Шӯрои олимони донишкада пешниҳод намуд, ки бо қаноатмандӣ дастгирӣ ва пазируфта шуд.

Раёсати Тоҷикматлубот соли таҳсили 1992-1993 барои мутамарказонии роҳбарии фаъолияти донишкада ду факултаи рӯзонаро ба як факулта «Иқтисодиёт, менеҷмент ва баҳисобгирии бухгалтерӣ» табдил дода, сарварии ин факултаро ба зиммаи олими ҷавон Фақеров Ҳамидуллохон Нуриддинович гузошт.

Соли 1994 бо қарори Раёсати Тоҷикматлубот доктори илмҳои иқтисодӣ, профессор Олимҷон Бобоев ректори Донишкадаи тиҷоратии давлатию кооперативии Тоҷикистон таъйин гардид.

Раёсати донишкада шароити тагйирёфтаи сиёсию иҷтимоии ҷомеаро ба инобат гирифта, бо қарори №9-и ҷаласаи Шӯрои олимон аз 16 августи соли 1994 дар сохтори донишкада факултаи навро бо номи «Муносибатҳои тиҷоратию иқтисодии байналхалқӣ» ташкил кард ва н.и.и., дотсент Фақеров Ҳ.Н. иҷрокунандаи вазифаи декани ин факулта таъйин гардид.

Дар ин қарор номи факултаҳо низ тағйир дода шуданд. Аз ҷумла номи факултаи «Молшиносии тиҷоратӣ» ба факултаи «Тиҷорат ва технология» ва факултаи «Иқтисодиёт, менеҷмент ва баҳисобгирй» ба факултаи «Иқтисодиёт ва менеҷмент» иваз карда шуданд.

Роҳбарияти донишкада талаботи Тоҷикматлуботро ба кадрҳои соҳибтахассус ба инобат гирифта, бо карори ҷаласаи Шӯрои олимон аз 22 ноябри соли 1994 факултаи омӯзиши ғоибонаро таъсис дод ва вазифаи декании онро ба ӯҳдаи дотсент Фақеров Ҳ.Н. гузошт.

Дар солҳои роҳбарии профессор Бобоев О.Б. дар донишкада ду факулта ва чор кафедраи нав таъсис дода шуданд. Таркиби сифатии омӯзгорон низ дар ин солҳо тагйир ёфт. Шумораи устодони соҳибунвон аз 35 нафар ба 65 нафар расида, базаи моддӣ-техникӣ низ хеле пурқувват гардид.

Бо ҷаҳду талоши раёсати Тоҷикматлубот моҳи марти соли 1994 бинои техникуми кооперативии шаҳри Душанбе ба ихтиёри донишкада дода шуд. Моҳи июли соли 1996 техникуми кооперативии шаҳри Хуҷанд ба коллеҷи тиҷорат табдил дода шуда, ба сохтори донишкада ҳамроҳ карда шуд.

Барои тайёр намудани устодони соҳибунвон дар назди худи донишкада бо дастгирии Раёсати Тоҷикматлубот, Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон ва Академияи улуми Тоҷикистон соли 1996 шуъбаи аспирантура ва соли 1998 Шӯрои дисертатсионӣ доир ба дифои рисолаи номзадӣ барои гирифтани дараҷаи илмии номзади илми иқтисод таъсис дода шуд.

Бо фармони Раиси Ҳукумати Чумҳурии Тоҷикистон №162 аз 3 апрели соли 2000 Донишкадаи тиҷорати давлатию кооперативии Тоҷикистон ба Донишгоҳи давлатии тиҷорати Тоҷикистон табдил дода шуд.

Моҳи октябри соли 2000 бо пешниҳоди Раёсати Тоҷикматлубот за Шӯрои олимони донишгоҳ аз ҷониби Ҳукумати Тоҷикистон ноиби ректор оид ба таълим, н.и.и., дотсент Фақеров Ҳ.Н. ба вазифаи ректори донишгоҳ таъйин карда шуд.

Тибқи фармони вазири маорифи Тоҷикистон №822 аз декабри соли 2000 коллеҷи тиҷорати шаҳри Хуҷанд ба факултаи тиҷорат табдил дода шуда, ба сохтори Донишгоҳи давлатии тиҷорати Тоҷикистон хамроҳ карда шуд. Литсейи «Тиҷорат» дар асоси қарори мушовараи Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон таҳти №8/1 аз 6 июли соли 2001 мақоми «Гимназияи ҷумҳуриявии тамоили иқтисодидошта» -ро гирифт.

Соли 2003 Доиишгоҳи давлатии тиҷорати Тоҷикистон дар байни тамоми мактабҳои олии ҷумҳурӣ нахустин шуда аз аккредитатсияи давлатӣ гузашт ва соҳиби шаҳодатномаи №000001 Вазорати маориф гардид, ки худ баёнгари эътирофи умум гаштани он буд.

Ҳамин тариқ, Донишгоҳи давлатии тиҷорати Тоҷикистон ҳамчун идомадиҳандаи фаъолияти нуқтаи машваратӣ ва шуъбаи ғоибонаи Донишкадаи кооперативии шаҳри Самарқанд, ду техникуми кооперативӣ, ду ихтисоси Донишгоҳи миллии Точикистон ва филиали Донишкадаи савдои советии кооперативии Новосибирск тӯли ин солҳо барои хоҷагии халқи ҷумҳурӣ мутахассисони варзидаи дар бозори меҳнат рақобатпазири ҷавобгӯи талаботҳои стандартҳои давлатӣ дар соҳаи иктисоду тиҷорат тайёр намуда истодааст.

Имрӯз Донишгоҳи давлатии тиҷорати Точикистон аввалин муассисаи таҳсилоти олии касбии Ҷумҳурии Тоҷикистон мебошад, ки раванди таълимро тибқи низоми кредитии таҳсилот ба роҳ монда, барои ворид шудан ба фазои ҷаҳонии таҳсилот қадамҳои устувор мегузорад.