Департамент образования является одной из основных структур университета, его основной задачей является планирование, мониторинг и регулирование учебного процесса, разработка учебных программ, повышение качества образования, учет преподавателей и контроль их успеваемости. Департамент образования создан решением Ученого совета ТГУК от 7.06.2017 г. №13 на базе Департамента образования, созданного 1 октября 2007 г. В 1987-2007 годах структура была названа в честь отдела образования.

На протяжении многих лет следующие ученые являлись начальниками Департамента образования:

• Старший преподаватель Вадим Давлатмамадов, 1987-1994 годы;
• кандидат филологических наук, доцент Рахматулло Шоев, 1994-1996;
• кандидат биологических наук, доцент Суннатов Махмаджон, 1996-1997;
• кандидат географических наук, доцент Зауддин Мусаев, 1997-1998;
• кандидат химических наук, доцент Таваккал Маликов, 1998-2001;
• кандидат физико-математических наук, доцент Салимов Назарали, 2001-2008;
  доктор физико-математических наук, профессор Меджидов Хамид, 2008-2011;
• кандидат экономических наук, доцент Саъбат Хикматов, 2011-2012;
• кандидат педагогических наук, доцент Рахмонали Мирзоев, 2012-2017;
• кандидат экономических наук, доцент Мухитдин Хамитов, с 2017 года по настоящее время.

Структура Департамента образования в Таджикском государственном университете коммерции организована по решению Ученого совета университета и согласовано с Министерством образования и науки Республики Таджикистан и Таджикматлуботом.

Учебный процесс в университете основан на новых государственных стандартах высшего образования и учебных программах, утвержденных Министерством образования и науки Республики Таджикистан.

В целях внедрения единой образовательной среды, повышения качества образования и для продолжения обучения в зарубежных университетах Таджикско государственный университет коммерции по приказу Министерства образования и науки Республики Таджикистан с сентября 2004 года под № 698 был включен в число (пилотных) университетов в Республике Таджикистан. В 2005-2006 учебном году университет первым внедрил кредитную образовательную систему с учетом национальной специфики. В 2009-2010 учебном году кафедры, дневной и заочной форм обучения были полностью интегрированы в кредитную систему образования.